Um die für den Vertragsnaturschutz zur Verfügung stehenden öffentlichen Mittel möglichst effektiv im Sinne des Biotop- und Artenschutzes einzusetzen, hat das LANUV Kriterien für die Auswahl der Förderflächen entwickelt, die rechtliche Vorgaben (FFH-Richtlinie, LNatSchG), naturschutzfachliche Aspekte und den Vertrauensschutz berücksichtigen. Damit wird eine extensive und naturschutzgerechte Bewirtschaftung zum Schutz von besonders wertvollen, gefährdeten oder auch seltenen Biotoptypen wie z.B. Kalkmagerrasen oder Arten wie z.B. den Ameisenbläuling innerhalb wie außerhalb von FFH- und Naturschutzgebieten gewährleistet.
Die Vorgabe von Auswahlkriterien für Förderflächen ist darüber hinaus auch eine Anforderung der EU, denn auch die EU möchte sichergestellt wissen, dass die zur Verfügung gestellten Finanzmittel möglichst effizient eingesetzt werden. Durch die Auswahlkriterien wird sichergestellt, dass bei knappen Haushaltsmitteln die wichtigsten Flächen gefördert werden.